Icaunux - Le Forum

wanica

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Guix, une distrib et un gestionnaire de paquets performant

https://libreplanet.org/wiki/Group:Guix

https://guix.gnu.org/fr/

    Liberating. Guix is an advanced distribution of the GNU operating system developed by the GNU Project—which respects the freedom of computer users.
    Dependable. Guix supports transactional upgrades and roll-backs, unprivileged package management, and more. When used as a standalone distribution, Guix supports declarative system configuration for transparent and reproducible operating systems.
    Hackable. It provides Guile Scheme APIs, including high-level embedded domain-specific languages (EDSLs) to define packages and whole-system configurations.

Si vous n'utilisez pas GNU Guix comme distribution GNU/Linux indépendante, vous pouvez toujours l'utiliser comme gestionnaire de paquet par dessus n'importe quelle distribution GNU/Linux. De cette manière, vous pouvez bénéficier de tout son confort.

Guix n'interférera pas avec le gestionnaire de paquets qui vient avec votre distribution. Ils peuvent vivre ensemble.

Guix et des projets de bio informatique...
Le blog:
https://guix.gnu.org/fr/blog/2018/paper … with-guix/
Ricardo Wurmus — 9 mai 2018
I’m happy to announce that the bioinformatics group at the Max Delbrück Center that I’m working with has released a preprint of a paper on reproducibility with the title Reproducible genomics analysis pipelines with GNU Guix.

We built a collection of bioinformatics pipelines called "PiGx" ("Pipelines in Genomix") and packaged them as first-class packages with GNU Guix. Then we looked at the degree to which the software achieves bit-reproducibility, analysed sources of non-determinism (e.g. time stamps), discussed experimental reproducibility at runtime (e.g. random number generators, the interface provided by the kernel and the GNU C library, etc) and commented on the practice of using “containers” (or application bundles) instead.

La génomique c'est quoi ? Inra et bovins
Exemple d'utilisation: La génomique et la viande bovine
https://www.futura-sciences.com/sante/d … 40/page/2/
Par Hocquette Guillaume 2004 mod 2015

Le patrimoine génétique, à lui seul, ne suffit pas au déterminisme des caractères. C'est l'expression des gènes (tissu-spécifique et soumise à d'importantes régulations environnementales) qui, in fine, détermine le phénotype. Quand un gène est exprimé, les cellules synthétisent au moins un ARN messager (ARNm) à partir de ce gène. Ce messager (ou transcrit) permet la synthèse d'une protéine spécifique (ou d'une famille de protéines). La présence ou l'activité biologique de cette (ces) protéine(s) peut modifier les caractéristiques des tissus. En effet, il est bien admis que « Tout n'est pas dans le génome » (H Atlan, 1999. La fin du tout génétique). « En réalité, le vivant implique un réseau complexe d'interactions entre les gènes et les protéines, et entre les gènes, les protéines et l'environnement » (J Testard, 1997. Génétique : puissances et illusions).

La deuxième moitié du XXème siècle a connu l'essor de la génétique moléculaire, ce qui a conduit à une meilleure connaissance du génome, c'est à dire du patrimoine génétique. Le XXIème siècle verra le développement de la génomique, c'est à dire des mécanismes biologiques conduisant au déterminisme des fonctions biologiques à partir des gènes. En effet, les gènes hérités n'ont d'intérêt que par leur expression. Autrement dit, « la biologie se perdra si elle se contente d'interroger le génome et délaisse la physiologie » (d'après F Jacob, 1971. La logique du vivant). En ce sens, la génomique est une science située entre la génétique et la physiologie qui permettra d'établir le lien entre ces deux disciplines.

La génétique s'intéresse donc aux caractères transmissibles de génération en génération.
Le génome est, par définition, l'ensemble des gènes portés par les chromosomes. La génomique est donc la Science qui étudie l'ensemble des gènes. La génomique s'intéresse tout d'abord à la cartographie physique des génomes et à la structure des gènes

La génétique est, d'après le dictionnaire de la langue française, la Science de l'hérédité. La génétique s'intéresse donc aux caractères transmissibles de génération en génération.
Le génome est, par définition, l'ensemble des gènes portés par les chromosomes. La génomique est donc la Science qui étudie l'ensemble des gènes. La génomique s'intéresse tout d'abord à la cartographie physique des génomes et à la structure des gènes : il s'agit de la génomique structurale anciennement appelée génétique moléculaire (localisation des gènes, nombre d'exons, d'introns, polymorphismes, ...)

La génomique s'intéresse aussi à la fonction des gènes (il s'agit de la génomique fonctionnelle). Un des moyens d'étudier ces fonctions est d'étudier les mécanismes de l'expression des gènes (il s'agit de la génomique expressionnelle).

La réalisation du séquençage du génome à haut débit a permis un essor considérable de la génomique structurale, les techniques de « puces à ADN » ont permis celui de la génomique expressionnelle. En effet, l'automatisation des techniques de biologie moléculaire permet d'étudier simultanément la quasi totalité des transcrits (ou ARN messager) d'un tissu d'un individu à un instant donné. Il s'agit du transcriptome. Le suffixe 'ome' a été rajouté à l'objet d'étude (les transcrits) pour indiquer que les études sont réalisées à haut débit.

Parallèlement, le développement d'autres techniques automatisées autorisant des études à grande échelle des protéines a conduit à l'étude du protéome (c'est à dire de l'ensemble des protéines).

biologie intégrative. Cette dernière ne peut se développer sans un stockage raisonné et une analyse globale des données générées aux différents niveaux (transcript, protéines, physiologie). Ces étapes nécessitent le concours de la bio-informatique, autre nouvelle Science en expansion.

Cette méconnaissance des applications possibles de la génomique, associée à la peur naturelle des manipulations génétiques fait que le grand public s'interroge et s'inquiète, ce qui est légitime. Il est donc du devoir des chercheurs d'expliquer avec conviction et honnêteté les formidables enjeux de la révolution génomique. Une difficulté, dans cet exercice, est de bien séparer ce qui est du domaine de la description des phénomènes biologiques de ce qui est de la manipulation biologique.

Conclusion:

(NDC)Tout ça pour ça !
Parmi les premiers résultats obtenus à ce jour, les données biochimiques ou génomiques convergent vers l'idée que les bovins à fort potentiel de croissance musculaire ont des muscles plus rapides et plus glycolytiques, ce qui est favorable pour la tendreté de la viande produite mais défavorable pour son goût (en raison de teneurs en lipides intramusculaires plus faibles).

Donc si bovin à  croissance rapide, goût viande pas bon !!
ce que savent tous ceux qui font de l'élevage, qui aiment la viande de qualité..IL faut du temps et elle est plus chère...la génomique n'y change pas gand chose et Lapalisse n'aurait pas dit mieux que M Hocquette, directeur de recherches à l 'Inra...que l'on mobilise autant de science pour en arriver là est au final inquiétant.
Par contre bon rappel des bases, et deux pages /5 sont très bien faites...à cet égard.
https://fr.wikipedia.org/wiki/Bio-informatique

IceCat

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Re : Guix, une distrib et un gestionnaire de paquets performant

Dans le même paradigme que Guix il y a NixOS aussi, qui sont presque "cousins".

Même si on peut l'utiliser de façon "classique" ou se servir uniquement du gestionnaire de paquet (pareil pour Nix il me semble), je trouve que cela n'est réellement utile que dans des cas bien spécifiques.
Après, pour découvrir ou par challenge technique pourquoi pas, mais je n'ai jamais ressenti le besoin de les utiliser ou de me pencher réellement sur leur fonctionnement. Il me semble que cela apporte de la complexité.

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wanica

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Re : Guix, une distrib et un gestionnaire de paquets performant

Ben, je n' en sais rien. C'est Trisquel qui "offre cette possibilité" et en fait l'article sur son site, j'ai effectivement du mal à comprendre l' utilité. Je vais (peut être) tester...